In piazza Eremitani sorge il complesso dei Musei Civici che raggruppa il Museo Archeologico e il Museo d'Arte Medioevale e Moderna. I Musei sono ospitati nei chiostri dell'ex convento dei frati Eremitani. Fanno parte del complesso la Cappella degli Scrovegni e Palazzo Zuckermann.

L'edificio ideato da Franco Albini, noto architetto vincitore nel 1957 del Premio Olivetti per l'Architettura, sorge accanto al tratto superstite dell'anfiteatro romano tra la Cappella degli Scrovegni e la chiesa degli Eremitani. Il percorso espositivo del Museo Archeologico inizia con reperti di epoca preromana, provenienti da necropoli patavine, databili dall'VIII al III secolo a.C. Numerosi i mosaici sistemati a pavimento e in rastrelliera, tra cui il mosaico di Euterio del IV sec d C. Si ricordano il bellissimo busto di Sileno, il raffinato cippo funerario della giovane danzatrice Claudia Toreuma e la monumentale edicola funeraria dei Volumnii. Altre salette sono riservate ai materiali etruschi, greci e italioti. Due sale egizie sono dedicate al padovano pioniere dell'egittologia Giovan Battista Belzoni. Il chiostro invece ospita la ricca collezione lapidaria, costituita da colonne, trabeazioni, capitelli, fregi, elementi architettonici, per lo più rinvenuti nella zona dei Colli Euganei e di Padova. Nel 2008è stata aperta la sezione dedicata alla Via Annia, la grande strada realizzata in epoca romana per collegare l'Italia nordorientale al resto della rete viaria della penisola.