Il Museo dell'Acqua si trova presso la bellissima Fonte di Pescaia, attiva già nella prima metà del XIII secolo.

Situata lungo la via Francigena, fuori dal percorso delle mura, la Fonte di Pescaia  rappresenta una validissima testimonianza di uso sapiente e calibrato dell'acqua, tanto rara a Siena: secondo un modello tipico delle fonti senesi, infatti, il ciclo di utilizzo delle acque si distribuiva su vasche poste in sequenza a quote diverse.

La prima era  destinata  agli usi alimentari, la seconda all'allevamento dei pesci ed ad usi secondari, poi c'era la vasca riservata all'abbeveraggio degli animali

Le vasche venivano alimentate dal trabocco, cioè il troppo pieno della vasca che precedeva alimentava la vasca  che seguiva.

Vicino alla struttura principale della Fonte, il lavatoio da dove l'acqua defluiva verso la fogna bianca posta a valle.

L'approvvigionamento idrico della Fonte era garantito da due rami di bottino, i celebri cunicoli sotterranei scavati nell'arenaria pliocenica, dove le acque venivano raccolte per stillicidio e convogliate fino alle fonti in superficie secondo un complesso sistema di vasche di decantazione e punti di raccolta posti a quote diverse.

La Fonte è stata costruita prevalentemente in mattoni, il materiale più diffuso nel periodo di massima fioritura economica e crescita urbanistica della città.

La facciata principale è caratterizzata da tre archi sostenuti da pilastri  in pietra e in laterizi. Nella parte superiore si distinguono gli archetti e i peducci a sostegno della merlatura che coronava la sommità della muratura, distrutta poi da un intervento tardo di sopraelevazione della struttura.

Sui costoloni delle volte a crociera che caratterizzano la copertura delle vasche si distinguono ancora tracce di coloritura in bianco e nero, mentre sulla parete di fondo, a filari di pietra alternati ai mattoni,  si intravede la Balzana, simbolo della città e dell'autorità comunale, referente e responsabile delle fonti fin dalla loro realizzazione

Per molto tempo la Fonte di Pescaia è stata segregata ad un ruolo marginale della città, soffocata tra architetture di epoca moderna, fino all'inizio del 2010 quando, dopo un complesso recupero edilizio, fu inaugurato il Museo dell'Acqua.

L'occasione nacque grazie al progetto Siena città dell'Acqua accolto dalla Comunità Europea nell'ambito di una serie di iniziative volte a celebrare quel periodo denominato "Rinascimento delle macchine" quando figure come il Taccola, Francesco di Giorgio Martini e Leonardo da Vinci hanno introdotto idee e tecniche rivoluzionarie

L'allestimento interno, disposto su tre piani sopra le Fonti di Pescaia, è stato ideato e progettato dal “Social Design” degli Architetti Roberto Santini, Goffredo Serrini, Claudio Zagaglia ed è stato realizzato dallo Studio Azzurro di Leonardo Sangiorgi di Milano e dalla Mizar di Paco Lanciano di Roma