Il Museo di Fisica custodisce il prezioso patrimonio costituito dagli strumenti di Fisica della Federico II per lungo tempo fu custodito nel Gabinetto Fisico dell'Università di Napoli, istituito da Gioacchino Murat con Regio Decreto del 1811.

Successivamente gli strumenti furono conservati nell' lstituto di Fisica e poi in depositi fino al 2000, data dell'istituzione del Museo di Fisica e dell'assegnazione dei locali del Refettorio del Collegio Massimo dei Gesuiti progettati, intorno al I680, da Dionisio Lazzari, importante esponente del barocco napoletano.

Nelle prestigiose sale del Museo di Fisica sono conservati gli originali stucchi del '600 e i contorni delle porte in piperno, sono state arredale con vetrine dell’800 e pregevoli mobili in radica di noce. Nella grande sala del Refettorio è stata posiziona la magnifica pala d'altare raffigurante la Circoncisione di Gesù, commissionata, al pittore senese Marco Pino da Siena, dai padri gesuiti per la chiesa del Collegio. La superficie espositiva di circa 640 mq si articola in uno spazioso ingresso che da accesso a tre ampie sale in cui sono esposti reperti che documentano lo sviluppo della Fisica nel Regno di Napoli e spesso legati alle vicende storico-politiche della città di Napoli.