Il Museo di Antropologia di Napoli, istituito nel 1881 su intervento di Francesco De Sanctis, ministro dell'Istruzione del Regno d'Italia, si configurò per molto tempo come insieme di collezioni a volte esposte, più spesso archiviate, collezioni acquisite o costituite dagli esemplari delle ricerche di Giustiniano Nicolucci, eminente antropologo e primo direttore del Museo.

Tra il 1890 ed il 1921, il Museo di Antropologia acquisì notorietà, grazie anche all'impegno di Abele De Blasio e di Vincenzo Giuffrida Ruggeri, quest'ultimo successore del Nicolucci alla cattedra di Antropologia. A partire dagli anni '30 sino agli anni '90, il Museo attraversò un periodo molto difficile per la perdita della cattedra di Antropologia e per le vicissitudini della Guerra Mondiale che comportarono il danneggiamento dei locali in cui erano custoditi i reperti, recuperati dall'illustre biologo Mario Galgano.

Alla fìne degli anni '90 grazie a ricognizioni storiche e al recupero delle collezioni, il patrimonio antropologico è stato esposto in sale del Collegio Massimo dei Gesuiti e il Museo di Antropologia ha riconquistato a pieno il suo prestigio e ruolo.

La superfìcie espositiva di circa 180 mq si articola in due sale attrezzate con importanti vetrine.

ll patrimonio del Museo è costituito da oltre 26.000 reperti che raccontano la biodiversità umana, l’evoluzione biologica e culturale dell’uomo: qui si trovano i calchi dei crani degli Ominidi come il cranio infantile di Australopithecus africanus e la calotta cranica di Homo erectus pekinensis realizzata nel 1936, insieme a manufatti ltici e archeologici come i bifacciali paleolitici, le asce neolitiche in pietra levigata, le ceramiche dell’Età dei Metall, scudi in pelle provenienti dall’Africa, aste cerimoniali e oggetti delle popolazioni indigene dell’Isola Palawan (Filippine) e della piccola Andaman. Di importante valore sono le quattro mummie umane sudamericane di epoca precolombiana. 

Nella sezione di reperti osteologici umani, molto suggestivi  sono i crani affetti da anomalie morfologiche e traumi appartenenti alla Collezione Craniologica di Giustiniano Nicolucci e i crani provenienti dagli scavi della Pompei del 79 d.C.

Degno di nota è il cranio “esploso” e i reperti di pelle umana tatuata derivanti dalle ricerche di Abele De Blasio.