Il Museo Civico di Storia Naturale di Milano è il Museo Civico milanese più antico ed è oggi il centro delle attività del Giardino delle Scienze che comprende due laboratori didattici, Paleolab e Biolab, e il Civico Planetario Ulrico Hoepli.
Venne fondato il 7 maggio 1838 grazie alle donazioni delle collezioni del nobile milanese Giuseppe De Cristoforis e del botanico Giorgio Jan. Le collezioni comprendono campioni di mineralogia, paleontologia, zoologia, botanica, oltre a strumenti e libri.
L’apertura al pubblico risale al settembre 1844 nell’ex Convento di Santa Marta in occasione del VI Congresso degli Scienziati Italiani che quell’anno svolgeva i lavori a Milano.
A partire dalla seconda metà del Novecento si arricchiscono le collezioni museali, grazie alle campagne di ricerca e acquisizione. Sicuramente uno dei progetti più importante fu quello del Direttore Cesare Conci, il quale consentì l’ampliamento con nuove sezioni, paleontologica e botanica, del museo.
Dal 2010 il Museo Civico di Storia Naturale è stato inglobato al Polo dei Musei scientifici insieme al Planetario e all’Acquario.