La storia del MAEC prende avvio nel 1727, allorchè nacque l’Accademia Etrusca che aveva tra i suoi scopi statutari la diffusione della cultura storica e artistica attraverso i fondamentali strumenti della Biblioteca e del Museo; nel corso dei quasi tre secoli di vita il Museo in particolare ha avuto sviluppi straordinari, fino alla definitiva strutturazione avvenuta nel 2008. Attualmenteè suddiviso nelle due principali sezioni dedicate rispettivamente all’Accademia Etrusca e alla Città etrusca e romana di Cortona; nella prima sono raccolte le testimonianze della vita e dell’attività continua della più nota istituzione culturale cittadina, a partire dai primi lasciti disposti dagli accademici del Settecento e dell’Ottocento o dagli acquisti via via effettuati: fra le opere di maggiore pregio  sono da ricordare il lampadario etrusco in bronzo, la cosiddetta Musa Polimnia, la raccolta di ceramiche e bronzi etruschi e romani, la collezione Corbelli di materiali della civiltà egizia; non mancano testimonianze più recenti, come l’imponente raccolta di oggetti d’arte e di arredamento già detenuti dalla famiglia Tommasi Baldelli, una delle più note casate cittadine, o la serie di opere del pittore cortonese Gino Severini, uno dei fondatori del futurismo, cedute a Cortona dallo stesso Maestro. Vengono inoltre presentati molti materiali archeologici provenienti dalla città e dal territorio.