Il Museo di Storia Naturale di Venezia ha le sue radici in una delle più importanti istituzioni museali veneziane.

L’edificio stesso e le collezioni naturalistiche ottocentesche di proprietà comunale costituivano infatti parte del Museo Civico e Raccolta Correr, a sua volta derivato dalla raccolta privata del patrizio veneziano Teodoro Correr. Questa, organizzata in“tre sale e circa venti camere” nella sua casa, tra San Zandegolà e il Fontego dei Turchi, era composta da innumerevoli “manoscritti, stampe, quadri, libri, rami, legni, argenti, avori, sigilli, conj, armi, antichità, oggetti di storia naturale e di numismatica”.

Tutti questi materiali erano stati raccolti da Correr durante la sua vita e resi accessibili a studiosi e letterati cui faceva lui stesso da guida, due giorni la settimana. Alla sua morte, nel 1830, lascia per testamento al Comune di Venezia le raccolte con l’edificio di Ca’ Correr e cospicue risorse economiche, con la precisa clausola di farne un museo civico aperto al pubblico, cosa che avviene nel 1836, e di conservarle ed anzi aumentarle ulteriormente.

Nasce così il Museo Civico e Raccolta Correr, che presto si accresce sia attraverso doni e lasciti di nobili e ricchi veneziani che con acquisti finanziati dalle sostanze dello stesso Correr. È in questa fase che inizia l’incremento delle raccolte naturalistiche, prima piuttosto limitate. Oltre a piccoli doni estemporanei si aggiungono le importanti e voluminose collezioni di N. Contarini (1849), G. Miani (1862), A.P. Ninni (un primo lotto nel 1876, altro materiale in periodi successivi), G. Zanardini (verso il 1878) e G.B. Spinelli (1880). Presto sono necessari ulteriori spazi, perciò il Comune acquista e restaura il Fontego dei Turchi dove sono trasferiti quasi tutti i materiali, tranne i reperti naturalistici che restano esposti a casa Correr.

Nel 1920 la fama e l’importanza del Museo Civico sono tali, e i materiali così cospicui, che ne viene deciso il trasferimento in Piazza San Marco, presso il Palazzo Reale e parte delle Procuratie Nuove. Si ha così la definitiva separazione delle raccolte storico-artistiche da quelle naturalistiche ed etnografiche; quando il Fontego dei Turchi rimane libero infatti, l’ingegner Giorgio Silvio Coen propone di trasferirvi l’istituendo Museo di Storia Naturale che avrebbe riunito le varie raccolte scientifiche esistenti a Venezia, ed in particolare quelle del Museo Civico Correr, dell’Istituto Veneto di Scienze, Lettere ed Arti, la collezione privata del conte Alessandro Pericle Ninni, ed altre minori. Dal 1923 l’edificio è quindi sede del Museo di Storia Naturale di Venezia che, ad oggi, accoglie una collezione scientifica di circa due milioni di oggetti.