Il Museo delle Origini fu fondato nel 1942 da Ugo Rellini, ordinario di Paleontologia all'Università di Roma “La Sapienza”.

Nato da un primo nucleo di collezioni donate dallo stesso Rellini, il patrimonio del Museo delle Origini è andato nel tempo arricchendosi grazie alle attività di ricerca dell’allora esistente Istituto di Paleontologia, agli scambi effettuati con altri musei italiani ed esteri e da prestiti concessi da varie Soprintendenze italiane. 

La maggior parte dei reperti del Museo delle Origini proviene da ricerche di superficie e da scavi archeologici effettuati soprattutto nell'Italia centro-meridionale ed insulare.

In oltre settant’anni di esistenza, l’allestimento del Museo delle Origini è stato rinnovato una prima volta da S. Puglisi nel 1962 in occasione del VI Congresso internazionale di Scienze Preistoriche e Protostoriche e, successivamente, nel 1992. In questa occasione si è proceduto ad una completa riorganizzazione della struttura, che ha previsto un progetto di allestimento più funzionale e spazi specifici dedicati alla didattica. 

Lo scopo del percorso espositivo del Museo delle Origini è quello di inquadrare i diversi materiali dal punto di vista cronologico e culturale ricostruendo i modi di produzione e di utilizzazione e illustrando i diversi aspetti della ricerca archeologica. I manufatti archeologici sono corredati da un ricco apparato esplicativo ed iconografico.

Partendo dalle prime attestazioni delle culture umane all’inizio del Paleolitico si percorre un lungo viaggio attraverso la storia dell’uomo sino alla prima età del Ferro, cioè alle soglie dell’età storica. Approfondimenti tematici relativi all’organizzazione sociale, alle attività di sussistenza, ai rituali funerari, alla tecnologia consentono di conoscere con maggiore dettaglio i modi di vita e il mondo ideologico delle comunità del passato. Il materiale esposto è per la maggior parte originale, integrato da alcuni calchi e ricostruzioni.