Il Museo di Archeologia ligure fu inaugurato nel 1936 e riaperto nel 1953, dopo la ricostruzione nel dopoguerra. 

Venne realizzato un percorso espositivo sulla vita, le occupazioni e l'economia dei popoli che abitavano anticamente la Liguria.

I reperti provenivano dalle grotte della riviera di Ponente (Balzi Rossi, grotte di Toirano, grotte del Finalese) ed erano presenti tombe di guerrieri liguri dell'età del ferro ed i corredi funebri della necropoli preromana di Genova. 

Inoltre si aggiungono testimonianze delle città liguri in epoca romana, antichità egizie della collezione d'Albertis ed una raccolta di vasi antichi donata alla città dal principe Oddone di Savoia.

Il percorso espositivo ampliato negli anni duemila, è dotato di numerosi supporti didattici e si sviluppa in 13 sale, raccontando secondo un criterio cronologico le varie epoche della preistoria in Liguria grazie alle sepolture paleolitiche dalla grotta della Arene Candide, i ricchissimi corredi della necropoli preromana di Genova; gli scavi delle città della Liguria romana; la collezione di antichità greche e romane del Principe Odone di Savoia; due sale dedicate alla collezione egizia e ai marmi romani.