La Crypta Balbi è la più recente delle sedi del Museo Nazionale Romano. 

Inaugurata nel 2001, Crypta Balbi sorge sull’area degli scavi archeologici che hanno riportato alla luce il portico del teatro di Lucio Balbo, che dà il nome al complesso, oltre che i reperti legati alla vita dell’isolato, che delineano la storia del paesaggio urbano dall’antichità al medioevo.

L’eccezionalità del museo Crypta Balbi, che si articola su due piani, è data dal fatto che sorge sulla stessa area archeologica. Il museo, allestito negli ambienti restaurati del complesso edilizio sorto a partire dal medioevo sulla Crypta di Balbo, si articola in due sezioni che illustrano, rispettivamente, le trasformazioni di un settore centrale del paesaggio urbano dall’antichità al XX secolo e l’evoluzione della cultura cittadina tra il V e IX secolo. 

Al piano terra è raccontata l’archeologia e la storia del complesso di Balbo e della vicina Porticus Minucia Frumentaria dove veniva distribuito il grano ai cittadini, con una visione diacronica della storia urbana dall’età romana al XX secolo. Il primo piano è dedicato alle più recenti indagini archeologiche che hanno riportato in luce un complesso di edifici residenziali esterni alla Crypta Balbi, costruiti dopo che un incendio nell’80 d.C. aveva devastato l'area. Gli edifici, case e botteghe, subirono molte trasformazioni fino al definitivo abbandono nel VII secolo d.C. 

Il secondo piano illustra le trasformazioni della città dal IV al IX secolo, con approfondimenti degli aspetti della cultura materiale e artistica. Questo racconto è stato possibile grazie alla grande quantità e varietà dei reperti recuperati dagli scavi, nonché dai materiali provenienti da altre indagini archeologiche svolte a Roma e da raccolte storiche dei musei romani.

Nei sotterranei è possibile visitare i resti archeologici rinvenuti nelle cantine dei palazzi su via delle Botteghe Oscure. Nell’area archeologica esterna è possibile visitare i resti del lavatoio del Convento di Santa Caterina, dell’esedra della Crypta Balbi e del quartiere che sorge alle sue spalle.