I Chiostri di Sant’Eustorgio sorgono in uno dei luoghi più importanti dal punto di vista storico della chiesa ambrosiana. Proprio qui, secondo la tradizione, San Barnaba avrebbe battezzato i primi cristiani milanesi dando origine alla chiesa locale.
Nel complesso aveva sede, già nel Duecento, il primo convento domenicano milanese e i due chiostri, nei quali hanno sede il Museo della Basilica di Sant’Eustorgio e il Museo Diocesano Carlo Maria Martini.
Il Museo della Basilica di Sant’Eustorgio si trova nel fianco sinistro della basilica già esistente e fu costruito alla fine del terzo decennio del XIII secolo.
Nei secoli successivi i chiostri subirono dei rimaneggiamenti e distruzioni per essere restaurati nel corso del XIX secolo.
Il bombardamento aereo del 15 agosto 1943 lasciò il complesso in precarie condizioni: il primo chiostro, meno danneggiato, mentre il secondo venne interamente distrutto sul lato nord e scoperchiato.
Dal 2016 i Chiostri di Sant’Eustorgio sono un complesso museale che offre alla città un’unica proposta culturale con eventi e mostre temporanee.