Il Cenacolo di Sant’Apollonia si trova nel centro storico di Firenze ed è considerato uno scrigno dell’arte medievale trecentesca fiorentina.

Il museo occupa una parte dell'antico monastero delle Benedettine di Sant'Apollonia, fondato nel 1339 e ingrandito nel Quattrocento.

Nel 1447 circa, Andrea del Castagno affrescò la parete di fondo del refettorio con l'Ultima Cena, la Crocifissione, la Deposizione e la Resurrezione. Nel museo sono esposti anche altri affreschi staccati di Andrea del Castagno con le relative sinopie e dipinti di Paolo Schiavo e di Neri di Bicci, provenienti dal monastero.

Sulla parete sud della sala si trova un Crocifisso attribuito a Baccio da Montelupo e insieme ad altre opere quattrocentesche provenienti dall’ex monastero. Nel 1953 il distacco della parte superiore degli affreschi ha reso possibile la visione della sinopia, ovvero i disegni preparatori, che oggi si possono ammirare nel lato opposto della sala.