Il museo nasce da un nucleo originario lasciato da Sigismondo Ala Ponzone (1761-1842), si tratta di una collezione di altissimo livello essendo lui stesso naturalista e preparatore. Negli anni successivi si sono aggiunte altre raccolte donate da naturalisti locali.

Il percorso proposto è articolato in sezioni, inizia con la sezione storica, costituita prevalentemente dal nucleo originario Ala Ponzone, prosegue con un passaggio attraverso le singole discipline: mineralogia, paleontologia e zoologia, per arrivare alla lettura del nostro territorio. L'ambiente naturale ed in particolare quello urbano permettono di introdurre un tema di grande attualità applicato alla situazione locale: una riflessione sulla conservazione della biodiversità . Lo spazio dedicato alla didattica, interdisciplinare e a disposizione di tutte le sezioni del Sistema museale, porta invece ad una riflessione su come l'uomo utilizza le risorse del proprio territorio raccordandosi al tema del rapporto fiume/città che ha caratterizzato la storia della nostra comunità.