Appartenente a una famiglia della nobiltà genovese, Giovanni Battista Paggi fu costretto all’esilio nel 1581 perché colpevole di omicidio, benché per legittima difesa. Dopo un soggiorno ad Aulla e a Pisa, egli giunse a Firenze presso la corte di Francesco I de Medici. Alla fine del 1590 il pittore ebbe la possibilità di rientrare a Genova, ma solo all’interno delle residenze del principe Giovanni Andrea I Doria, suo protettore, in quanto escluse dalla giurisdizione della Repubblica.

La Flagellazione, firmata e datata 1591, proviene dalla villa fatta costruire da Andrea Doria fuori della città vecchia, dove probabilmente decorava una delle cappelle fatte costruire da Giovanni Andrea e dalla consorte Zenobia Del Carretto. L’opera rivela l’assimilazione da parte dell’artista genovese di alcuni dei caratteri e dei modi della pittura fiorentina della fine del Cinquecento.