La Madonna del Lazzaretto è uno de capolavori del Museo dei Cappuccini: in sé presenta  elementi evidenti di arte e fede.
Prodotta dalla bottega fiorentina di Antonio Rossellino, si ignorano le circostanze del suo arrivo a Milano, risulta però che fu collocata sotto uno dei portici del lazzaretto per essere venerata dai malati. Pare infatti che si trovasse già nel lazzaretto quando cessò l’uso di questo luogo per l’isolamento dei malati contagiosi. A quest’epoca (dopo il 1633) venne donata ai frati Cappuccini del Convento di Porta Orientale come ringraziamento per l’importante servizio di assistenza svolto all’interno del lazzaretto. 
Successivamente, con la soppressione e poi l’abbattimento del convento di Porta Orientale (1810), la formella fu acquisita da privati cittadini che ne furono custodi per circa un secolo. È quindi negli anni Venti del 1900 che i frati Cappuccini del nuovo convento di viale Piave ricevettero in dono questa Madonna con il Bambino che collocarono nel coro della chiesa. In seguito ad alcuni adeguamenti dell’area del coro e del presbiterio, la formella con la Madonna del lazzaretto (così chiamata per la sua antica provenienza) venne trasferita prima  in convento e poi nel deposito del Museo dei Cappuccini.

Nel 2007 è stata sottoposto a un delicato intervento di restauro che ne ha portato alla luce l’originaria pellicola pittorica con la decorazione ricca d’oro in molte sue parti. Il Bambino è  vestito con una tunica verde e tra le mani paffute stringe maldestramente un cardellino che rimanda alla Passione, così come rimandano alla passione i monili in corallo rosso adornano il collo e il polso sinistro.
La Madonna indossa un abito rosso finemente decorato e ciò che colpisce è lo guardo sofferente e al contempo quasi distaccato, con cui guarda il figlio che tiene accanto a sé. Conosce il destino che vivrà.