Il Museo dei Cappuccini di Milano è nato nel 2001 per la necessità di conservare, tutelare e valorizzare il vasto patrimonio di beni culturali dell'Ordine dei frati minori Cappuccini della  Provincia Lombarda. 

Il primo nucleo di opere era già pervenuto all'Archivio Provinciale dei frati minori Cappuccini di Lombardia per diverse ragioni quali la necessità di una conservazione più adeguata, la sicurezza e la chiusura dei conventi.

L'apertura del Museo ha al contempo permesso di presentare al pubblico la realtà dell'Ordine religioso che, presente in Lombardia dal 1535, ha saputo farsi apprezzare dalla popolazione per il suo quotidiano servizio tra la gente. 

Attraverso opere d'arte (molte ancora inedite) il Museo presenta il pensiero e l'attività dei Cappuccini, l'ambito culturale e religioso nel quale hanno operato, inserito in ampi percorsi della tradizione e della storia di Milano.

L'offerta della collezione permanente -tra cui figurano artisti quali Jacopo Palma il giovane, Camillo Procaccini, Giandomenico Tiepolo, il Guercino e artisti del Novecento italiano quali Boccioni, Sironi, Carrà, De Pisis (...) affiancata da esposizioni temporanee, prosegue lo scopo di conservare, studiare e diffondere storia, arte e cultura con lo spirito che da sempre pervade l'attività dei frati minori Cappuccini di Lombardia.
Ciò è ben espresso dalle parole di fra Galdino, nella celebre citazione del Manzoni: "Siamo come il mare che riceve da tutte le parti e torna a distribuire". 
Le opere d'arte, patrimonio dell'Ordine dei frati minori Cappuccini, sono "restituite" attraverso il Museo affinché tutti ne possano godere. Per questa ragione l'ingresso è, e sempre sarà, gratuito, rimettendosi ancora una volta alla generosità di ciascuno per il sostegno dell'attività del Museo. Ora, attraverso l'arte, i frati Cappuccini continuano a farsi vicini e offrendo la possibilità di uno sguardo sulla Bellezza.