Sorto nel 1996 grazie all'impegno congiunto della Soprintendenza Archeologica per le Marche e dell'Amministrazione Comunale, il Museo ha sede nei locali restaurati e ammodernati, attigui al Chiostro di San Francesco.

La struttura ha funzione di museo di comprensorio, riunendo i materiali provenienti dal territorio comunale pertinenti a varie epoche e facies culturali, dalla preistoria fino alle soglie dell'età romana. Vi si trova una campionatura di materiale proveniente dai siti paleolitici di Ponte di Pietra e Nidastore, dal villaggio fortificato eneolitico di Conelle, dall' insediamento stratificato di Cava Giacometti che dal neolitico finale arriva all' età del bronzo, dall'insediamento d'altura della fine dell'età del bronzo di Monte Croce Guardia.

Importanti anche le ceramiche e i bronzi di importazione etrusca della necropoli gallica di Montefortino, preziose oreficerie, statuette votive e corredi di tombe ad inumazione. Sono esposti infine 3 cippi in pietra, due dei quali rinvenuti nell'arceviese e il terzo nei pressi di Fabriano; essi portano la raffigurazione scolpita della porta ditis (porta degli inferi) con, sul retro, una piccola nicchia a destinazione cultuale-sacrale. Il museo è dotato di un apparato esplicativo-didattico che si avvale anche di mezzi audiovisivi e multimediali.