La collezione del museo, ubicato nelle sale di Palazzo Cappellani a Palazzolo Acreide, proviene dai rinvenimenti del barone Gabriele Judica che agli inizi dell'Ottocento eseguì degli scavi sul sito di Akrai. L'importante raccolta di materiali comprende principalmente i reperti di Akrai ma una parte è costituita dalla collezione Ferla e da reperti ritrovati nel territorio di Leontinoi.

Il museo si sviluppa su due piani, in quello inferiore sono presenti reperti preistorici e protostorici. Nel piano superiore reperti di colonizzazione corinzia (sala1), età arcaica (sale 2-3), classica e post classica (sale 4-5), ellenistica (sala 6), romana (sala 7) e tardo romana (sala 8).