Il Museo di San Domenico a Imola è allestito nell’ex convento dei Santi Nicolò e Domenico. È tra gli edifici più significativi del centro storico di Imola e la sua costruzione come sede dell’ordine domenicano risale al Duecento e ha risentito nei secoli di diverse riedificazioni, ristrutturazioni e purtroppo devastazioni. Il restauro e la sua trasformazione in museo ha permesso di recuperare la spazialità originaria del convento e di individuare le originarie destinazioni d’uso come il capitolo, i dormitori, la cucina, i granai, le celle, offrendo ai visitatori un percorso alla scoperta del monumento e della sua storia attraverso le emergenze artistiche e architettoniche recuperate. La possibilità di accedere al pulpito della chiesa restituisce all’intero complesso la sua primitiva unità e regala una visione ampia e inconsueta dell’interno della chiesa di San Domenico dove si ammira un capolavoro di Ludovico Carracci. All'interno del museo sono allestiti due percorsi, le Collezioni d'Arte della Città e il museo naturalistico Giuseppe Scarabelli.

 Negli ambienti dedicati alle Collezioni d'Arte, affacciati sul primo chiostro, già dormitori e granai dei domenicani, sono affiancati ad un centinaio di dipinti oltre cinquecento pezzi tra ceramiche, disegni, monete e medaglie, manufatti lapidei. Il percorso restituisce l’immagine della città e del suo patrimonio artistico dal medioevo alla contemporaneità. Il Museo Naturalistico Giuseppe Scarabelli, costituisce il nucleo più antico dei Musei Civici di Imola, fondato all’inizio nel 1857, quando quattro cittadini donarono le proprie collezioni al Comune con l’intento di preservarle dalla dispersione e renderle di pubblica utilità. La nuova raccolta, conservata nell’ex Convento di San Francesco, si arricchì in seguito di altri materiali di archeologia preistorica, etnografici e naturalistici, dando così vita al Gabinetto di Storia Naturale di Imola, istituzione che occupa un posto importante nella storia della scienza e della museografia a livello sia regionale che nazionale. Promotore della donazione e primo direttore del museo fu Giuseppe Scarabelli - geologo e archeologo dell’Età preistorica, patriota e uomo politico particolarmente sensibile ai bisogni sociali della comunità - la cui donazione comprende raccolte di fossili, rocce e minerali originari della penisola italiana e importanti nuclei di reperti preistorici dell’area imolese.