Edificio fabbricato sui muri perimetrali di una chiesa del 1200 dedicata a San Francesco, conserva all'interno le colonne originali della chiesa con capitelli variamente fregiati che reggono le volte a crociera delle navatelle.

Di particolare interesse gli affreschi dei XV, XVI e XVII sec. venuti alla luce durante i lavori di restauro degli anni 2010-2011.

La sala del piano terreno ospita annualmente mostre tematiche d'arte e fotografia.

Il museo, di recente riapertura ospita ai piani I e II le collezioni naturalistiche, archeologiche e di arte e storia della Città di Domodossola.