Il Muséum de Besançon è uno dei tre musei situati all'interno della Citadelle, la fortezza militare che domina Besançon realizzata per volere del Re Sole e oggi protetta come Patrimonio Mondiale dell'Umanità. Si tratta di un museo di scienze e storia naturale che si occupa di studiare, diffondere, conservare e valorizzare il patrimonio scientifico e naturale e la conservazione delle specie e del loro ambiente.

Le collezioni di storia naturale contano oltre un milione di oggetti, tra cui un fondo naturalizzato eccezionale, facendo del museo un testimone prezioso e una chiave di comprensione della biodiversità. Il museo dispone anche di un parco zoologico, rinomato per il suo coinvolgimento in progetti per la conservazione di specie locali, come i gamberi di fiume, o internazionali come i lemuri, realizzati in collaborazione con professionisti e scienziati nel campo della fauna selvatica. Le sue competenze zootecniche nell'allevamento e nella riproduzione di specie rare e minacciate sono riconosciute a livello internazionale.