Metaponto, a partire dalla fine del VII secolo a.C.,è stata sede di una tra le più importanti colonie greche dell'Italia meridionale. Il Museo presenta la ricostruzione del quadro archeologico del territorio metapontino, dalla Preistoria sino al periodo tardo antico e si articola in varie sezioni che illustrano: le forme iniziali del popolamento ad opera degli Enotri-Choni durante la media età del bronzo e l'età del ferro; l'arrivo dei Greci dall'Acaia (regione del Peloponneso) durante il VII secolo a.C.; la formazione della colonia con l'occupazione del territorio e lo sviluppo della città; le trasformazioni dei centri italici del retroterra tra VI e IV secolo a.C.; il periodo della conquista romana e del graduale abbandono di Metaponto.