Il Museo Diocesano e la Cripta di San Rufino si trovano nel centro storico di Assisi. Il Museo è stato inaugurato nel 1941 nei sotterranei della cattedrale e del palazzo dei Canonici. L’obiettivo del Museo è quello di conservare e valorizzare le opere più importanti provenienti dalla cattedrale e da alcuni oratori limitrofi. La collezione museale è composta da circa 300 opere esposte in nove sezioni. Di grande interesse è sicuramente il Corridoio dove sono esposti reperti archeologici ritrovati nel territorio. La raccolta archeologica è composta per lo più da capitelli scolpiti e il sarcofago del II secolo d.C. con il rito della libagione. Le altre sale propongono dipinti del Trecento e del Quattrocento e gonfaloni del Seicento con raffigurazioni di San Francesco e Santa Caterina. Tra le opere più celebri vi il “Martirio di Santa Caterina d’Alessandria” di Orazio Riminaldi, noto pittore della Confraternita. La collezione è stata arricchita da un’importante donazione di Frederick Mason Perkins, storico dell’arte, residente per diverso tempo ad Assisi. La cripta di San Rufino è un gioiello dell’architettura romanica che ancora oggi conserva le decorazioni originali. In particolare, ritroviamo i quattro simboli degli evangelisti: l’angelo di San Matteo, il leone di San Marco, l’aquila di San Giovanni e il toro di San Luca.