Il Museo del Tesoro della Basilica di San Francesco ad Assisi si trova annesso nella storica chiesa del centro città. La raccolta viene chiamata “Tesoro” poiché comprende dipinti, manufatti tessili e oreficerie di gran pregio e legati alla storia della Basilica. Oggi la collezione è conservata nel salone gotico del Sacro Convento ed è composta per lo più da oreficeria sacra europea e orientale. Il patrimonio è ricco di reliquiari, croci, due dossali arabi di seta rossa e gialla, il paliotto di Sisto IV, otto arazzi fiamminghi, maioliche invetriati medievali, tavole istoriate e quattro sinopie di maestri romani e senesi. Il Museo è stato arricchito nel 1986 con 57 tavole e un bassorilievo in marmo. Importante è la donazione di Frederick Mason Perkins, storico dell’arte, che durante la sua vita collezionò dipinti della scuola veneziana e toscana del Trecento e del Quattrocento. Di grande interesse è il messale parigino miniato con l’evangelario e l’epistolario di San Luigi IX.