In primo piano S. Francesco, vestito con un ampio saio, riceve le stimmate da Cristo che appare in alto a destra crocifisso, avvolto da piume rosse infuocate. Accanto al Santo un altro frate seduto davanti ad una chiesa, sta intento a leggere. Fa da sfondo un paesaggio rupestre. L'opera è stata inizialmente attribuita dal Chini (1912) a Sebastiano di Cola da Casentino scambiandola erroneamente con una tavola dello stesso soggetto, documentata a questo pittore, autore anche di un'Annunciazione nella chiesa di S. Maria ad Cryptas in Fossa, datata e firmata. Questa attribuzione è stata successivamente confutata da F. Bologna (1950) per le incompatibilità rilevate tra quest'opera e quella di Fossa che la riferì, insieme ad una tavola raffihurante Le Storie di S. Giovanni da Capestrano, proveniente dallo stesso convento, ad una personalità pittorica di formazione culturale iberico-fiammingo-borgognone, a cui si aggiungono elementi padano-ferraresi a cui diede il nome di Maestro di S. Giovanni da Capestrano. Il Cannatà (1981), sulla base di analogie stilistiche, identificò, nel Maestro di S. Giovanni da Capestrano quel Paolo Aquilano autore della scultura lignea firmata, raffigurante S. Francesco, nella chiesa di S. Maria della Pace a Fontecchio.